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一般是在微生物实验室内专辟一个小房间。面积不宜过大，约4—5平方米即可，高2.5米左右。无菌室外要设一个缓冲间，缓冲间的门和无菌室的门不要朝向同一方向，以免气流带进杂菌。无菌室和缓冲间都必须密闭。室内装备的换气设备必须有空气过滤装置。无菌室的地面、墙壁必须平整，不易藏污纳垢，便于清洗。工作台面应该处于水平状态。无菌室和缓冲间都装有紫外线灯，无菌室的紫外线距离工作台面1米。工作人员进入无菌室应穿灭菌服装，戴帽子。